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21世纪，医学模式将逐渐由过去单纯的“生物医学”向“生物－心理－社会医学”进行转变，单纯的治疗疾病转为预防、保健、治疗、康复相结合的模式。各种自然疗法应运而生，传统医药在医疗中发挥越来越大的作用，“回归自然”成为一种世界性的潮流。中药现代化是我国传统中药产业发展的必然趋势。如何能阐明中药的作用机制及制定国际承认的中药标准，均是关系到中药产业能否走向国际医药市场的关键。分子生物学的发展从分子水平研究生物大分子的结构、功能、相互作用等内容，其作为生命科学领域新兴的技术，能在“微观”层次阐述物质的实质，已成为研究中药作用机制的有力手段。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性，如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。利用基因芯片技术可以分析组织、细胞表达的基因，通过比较“疾病－正常”基因表达差异，以了解疾病的发生、发展过程。通过比较中药作用前后相关组织的基因表达差异，可以了解哪些基因在中药作用后表达了，哪些表达遏制了，以及哪些表达升高了，哪些表达下降了，从而在分子水平上了解中药的作用机制。本文简要介绍了基于基因芯片技术建立起的基因表达差异分析法，并着重综述了其在中药药理作用机制研究中的应用。以及其在中药毒理学、药用靶标的发现和新药用成分的遴选中的应用，同时对该方法在中药研究中存在的问题和应用前景进行探讨。
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