低深度全基因组测序技术诊断先天性心脏病胎儿染色体变异病因价值

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陈 晓 张愉萍

广西壮族自治区玉林市妇幼保健院(537000)

先天性心脏病(CHD)导致的心脏/胸腔内血管形态、结构、功能异常,为人类常见出生缺陷[1],在新生儿中发病率为0.7%~1.1%[2]。2011年我国围产期CHD发生率为40.95/万,为我国排名首位的出生缺陷类型[3],也是导致新生儿死亡的重要原因之一。CHD发生原因尚未完全阐明,其中染色体非整倍体异常、染色体拷贝数变异、单基因突变、表观遗传等遗传因素在CHD发病中有重要意义[4-5]。低深度全基因组测序(CNV-Seq)通过生物信息分析,可以发现样本存在的拷贝数变异(CNVs)[6]。具有检测范围广、高通量、操作简便、兼容性好、可检测低比例嵌合等优点,可作为一线产前诊断技术应用于临床。本研究以收治的高危孕妇为研究对象,评价CNV-Seq技术诊断先天性心脏病胎儿的临床效果。

1.1 一般资料

选择本院2021年1月—2022年1月产前诊断中心就诊的有高危指证孕妇80例临床资料。纳入标准:经2位超声医师行胎儿超声心动图检查确诊胎儿患有CHD;
孕单胎妊娠,经遗传咨询自愿接受染色体核型分析及CNV-Seq分析。排除标准:仅行染色体核型分析或仅行CNV-Seq分析。本研究经本院伦理委员会审批,孕妇均签署知情同意书。

1.2 检测方法

1.2.1羊水获取孕妇孕16~24周时超声引导下以21GPTC-B穿刺针经腹腔穿刺抽取羊水;
孕≥24周时在超声引导下,经腹脐静脉穿刺抽取脐带血,分别行CNV-Seq技术及染色体核型分析。

1.2.2染色体核型分析将抽取的羊水或脐血无菌离心收集细胞,贴壁培养10~14d至细胞生长状态良好;
加入秋水仙碱,搜集细胞常规制片、G显带、镜下观察30个细胞的分裂相,分析细胞染色体核型,异常核型或嵌合型,计数50个以上分裂相。

1.2.3CNV-Seq技术采用贝瑞和康公司的ILLUMINATION NEXTSEQ CN500 测序仪及配套试剂盒,按照标准操作流程行DNA提取、文库构建、文库稀释变性、测序、结果分析。结果判读参考DGV、ISCA、OMIM、DECIPHER等数据库,根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)指南将测序结果分为良性CNVs、意义不明确的CNVs、致病性CNVs。

2.1 染色体核型分析

80例高危指证孕妇年龄(28.6±4.8)岁(20~45岁),孕周(26.5±1.9)周(20~31周);
67例接受羊膜腔穿刺,13例接受脐静脉穿刺。80例CHD胎儿中检出8例染色体核型异常,检出率为10.0%。异常类型分别为21-三体综合征4例、18-三体综合征3例、46,XX,der(6)(q16q22)1例;
超声结果为法洛四联症2例(21-三体综合征)、室间隔缺损5例(18-三体综合征/21-三体综合征)、左心发育不良1例(11长臂缺失)。余72例CHD胎儿染色体核型检测结果未见异常。

2.2 CNV-Seq技术检测分析

80例CHD胎儿CNV-Seq检测结果显示,染色体核型分析异常8例,均为CNV-Seq检出与染色体核型分析结果一致的致病性CNVs。其中1例胎儿染色体核型为46,XX,der(6)(q16q22),CNV-Seq结果为6q16.1q22.33处有长29Mb拷贝数缺失,涉及POPDC3、SIMI、FOXO3基因等。染色体核型分析结果正常的72例胎儿中,CNV-Seq检出4例致病性CNVs,检出率为5.6%;
1例VOUS,检出率为1.4%。

2.3 检测异常核型CNVs构成情况

检出发生较多的致病CNVs种类、超声及妊娠结局10例分布见表1。

表1 检出例数较多的CNVs种类超声及妊娠结局

续表

2.4 不同方法胎儿异常核型检出情况

本研究超声胎儿结构异常和合并其他异常(胎儿软指标异常、羊水量异常、宫内FGR等),CNV-Seq技术异常检出率分别为7.5%(6例)、11.2%(9例),总检出22.5%(18例);
核型分析异常检出率分别为6.3%(5例)、3.8%(3例),总检出10.0%(8例)。两种技术异常核型总检出率有差异(χ2=20.0948,P<0.0001)。

2.5 不同高危指征孕妇胎儿异常核型检出情况

80份胎儿细胞检出异常核型18例,异常检出率为22.5%;
临床意义未明的拷贝数变异62例,根据孤立的心脏结构异常和合并其他指征进行分组,不同高危指征孕妇异常核型检出情况见表2。

表2 各高危指征孕妇胎儿核型异常检出情况[例(%)]

2.6 妊娠结局及追踪随访情况

80例孕妇中,失访2例(2.5%);
终止妊娠44例(55.0%),其中染色体异常18例,合并结构畸形27例;
36例(45%)出生,其中2例婴幼儿为先天性CHD(2例核型、CNV-Seq正常但超声诊断1例为胎儿室间隔缺损、主动脉骑跨、肺动脉稍小,不排除法洛氏四联征;
1例U型血管环)。其余均存活至今未见明显不良预后。

在生物体胚胎发育过程中心脏为较早生成、发育的器官之一。人类心脏在胚胎发育的第3周即开始出现[7],原始心源性细胞在相关基因调控下,发生迁移、分化、精确组合[8],逐步发育成具备完整功能的心脏。在胚胎发育过程中,外界环境变化或内在遗传物质变异,可影响心脏发育的调控网络[9],形成心脏先天性发育不良。产前超声影像学检查为发现胎儿CHD的重要手段,但超声诊断能力有限,无法确定胎儿的心脏缺血仅为独立表型或为某综合征的表型之一[10]。对CHD胎儿行遗传学检测,可辅助诊断综合征型CHD,对胎儿的长期预后做出判断。

在遗传学发展早期,临床多采用染色体核型分析进行遗传学检测[11],可观察染色体数目及显微结构改变。目前临床广泛采用的CNV-Seq技术可在全基因组水平上对染色体缺失/重复进行检测[12]。对比核型分析、X-失活分析、基因靶向分析,CNV-Seq具有最高的异常检出率和最低的漏诊率,可作为发育迟缓/智力低下、自闭症症候群、多发性先天性异常者的细胞遗传学检测方法[6]。

在本研究中,80例CHD胎儿分别行染色体核型分析及CNV-Seq分析。结果表明,染色体核型分析异常染色体检出率为10.0%,CNV-Seq技术染色体拷贝数异常的检出率为15.0%,有明确临床致病意义的检出率为13.8%。染色体核型分析正常的72例CHD胎儿中,CNV-Seq检出3例染色体拷贝数微缺失,检出率增加了4.2%。此3例染色体拷贝数微缺失均检出致病基因。表明致病性CNVs检出率可能与CHD类型不一,与研究对象的临床多样性、微阵列平台探针大小不一等有关。均说明CNV-Seq分析可提高致病性CNVs的检出率[13-14]。本次研究结果也证实了CHD的遗传学病因,除染色体数量、结构异常外,还存在染色体微缺失微重复。

综上所述,CHD的发生与基因异常有关。与传统的染色体核型分析相比,对CHD胎儿进行CNV-Seq遗传致病因素检测,不仅能检测出CHD胎儿常规的染色体数目和结构异常等遗传学病因外,还可以检测到更为精准的染色体片段微缺失微重复信息,以弥补染色体核型分析在产前临床咨询中评估胎儿预后的不足,可为遗传学咨询,辅助孕妇做出引产或继续妊娠决策提供依据。

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